Tuy Đông Kinh Nghĩa Thục là noi theo gương Khánh Ứng Nghĩa Thục của Nhật Bản, nhưng duy tân ở ta và ở Nhật có sự khác nhau rất căn bản: chúng ta chỉ có tư tưởng, nhưng hoàn toàn không có cơ sở xã hội cho một công cuộc hiện đại hoá thành công.
Phong trào Đông Kinh Nghĩa Thục chính là cái bắt tay đầu tiên trong lịch sử dân tộc giữ hai thế lực Tân học và Cựu học.
9 cuộc cải cách trong lịch sử Việt Nam trước thế kỷ XX đều gắn với tên tuổi các cá nhân. Chỉ đến đầu thế kỷ XX, sự nghiệp “đổi mới” mới trở thành phong trào quần chúng.